动画《变形金刚：组合金刚之战》的故事发生在地球大战的40年之后，将结合全新的人物与迷友们熟知多年的老人物一起，从全新的角度来讲述一段新的变形金刚的故事。
博派与狂派均已解散并回到了塞伯坦。擎天柱与威震天的时代结束后，如今的塞伯坦进入了三人执政时期。然而，一项古代科技成了新的威胁，这股力量能够将多名变形金刚组合为一个身形巨大的、更具威胁力的形态——组合金刚。谁将挺身而出面对这一威胁，以保护四百万年后来之不易的脆弱和平呢？