第一季：
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元祖鸨屋蛟龙堂和本家鸨屋蛟龙堂是两家反目分裂的药店。一代当家鸨屋万右卫门建立店铺，开发了越历丸。重病后，他将越历丸的秘方传授给了两位水火不容的爱徒，于是鸨屋在二代便成了本家和元祖两家店。
某日，本家的长子喜一郎闯入元祖店中，用硫酸泼向了长彦，从此失去了音讯。两年后，在东京生活的侦探金田一接到了本家鸨屋长女初惠的依赖，来到了大阪……

第二季：
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某日，柳条家三女儿柳条星子（刚力彩芽饰）来到侦探事务所委托金田一耕助（山下智久饰）为其调查父亲被投毒一案，并表明她怀疑该案与家族地位、财产以及继承人的选定有关。接受委托与星子，以及柳条家仆人兼司机的阿野田一平（冈山天音饰）一同前往位于长野县的柳条宅邸时，在村口发现了星子姐夫柳条数马（今奈良孝行）的尸体。在协助警方调查后，金田一终于来到了柳条宅，并在那里遇到了因怪人二十面相预告说要盗取柳条家金如来像而来的明智小五郎。再次相遇的两人此次将挑战名门望族被袭的悲剧案件。柳条家究竟藏着什么？金如来像是否存在？怪人二十面相究竟能否成功抓获？金田一与明智又将展开怎样的推理？9月29日晚，金田一耕助VS明智小五郎2，尽请期待。